胃液非正常逆流到食道或咽喉，甚至是氣管，會導致各部位不同程度的發炎，會併發好些並非典型的食道逆流的症狀

EX：慢性咳嗽、部份氣喘、聲音吵啞、喉部異物感、

胸悶、非心因性胸痛…等症狀。

胃食道逆流的患者都知道要降低發作的機率

所以從飲食和作息上都必須忍痛做調整

病情惡化嚴重者可能會造成慢性食道炎

進而增加食道細胞變異最終變成食道癌

比較常見的併發症為食道潰瘍、食道狹窄、巴洛氏食道、食道癌。

巴洛氏食道的成因是因為長期胃酸逆流造成食道上皮細胞變性，

它是食道腺癌的癌前驅病灶，發生癌症的危險性較一般人高出很多倍，

所以應定期接受胃鏡暨食道黏膜切片追蹤檢查。

食道外的併發症則包括氣喘、鼻竇炎、逆流性咽喉炎、聲帶潰瘍、氣管狹窄等。